Schiacciata sotto un macigno e data in pasto agli avvoltoi alla fine di Banjo-Kazooie, Gruntilda la strega è tornata, e ragazzi miei, è veramente inviperita. Dopo aver stretto un patto con Mingella e Blobbelda, le odiose sorelline, Grunty escogita un piano cervellotico per recuperare la bellezza perduta: si servirà di Big O'Blaster (B.O.B.) per succhiare forza vitale all'isola di B-K. Naturalmente, Banjo, l'orso sempre allegro, e Kazooie, il saggio picchio nascosto nello zaino blu di Banjo, faranno di tutto per far saltare l'efferato piano di Grunty.
La casa di produzione Rare ha aggiunto 14 giochi modalità multiplayer. Banjo-Tooie, personaggio dal sorriso facile, è sempre presente nelle pazze versioni di partite di calcio o gare di autoscontri, nei giochi lancia-persone in cui è possibile caricare e lanciare Kazooie. Chi gioca da solo può combattere contro i boss e ripetere all'infinito gli svariati minigiochi.
L'avventura principale si svolge attraverso nove mondi, vasti e ricchi di infinite sorprese. Lava e ghiaccio rendono impervio il cammino nel mondo di Hailfire Peaks - zolfo e brividi in un solo colpo! Alieni naufraghi, un maialino fotografo e un tempio sommerso fanno da sfondo al Jolly Roger's Lagoon. Il surreale parco dei divertimenti, Witchyworld, con lo stravagante venditore di patatine fritte e gli strani giri in giostra, ha un suo fascino e garantisce sfide sufficienti per ogni partita, ma Banjo-Tooie è un mondo unico fatto di tanti mondi!
Banjo e Kazooie si possono ora muovere in mille modi diversi e nuovi, possono, ad esempio, sparare mentre volano o nuotano. Banjo può afferrare Kazooie per il collo e picchiare i nemici. Può utilizzare lo zaino per attraversare la lava senza alcun pericolo, per trasportare oggetti e persino per schiacciare un pisolino ristoratore. Kazooie può nuotare veloce da solo e covare le uova. Grazie a scarpe speciali, Kazooie è in grado di scalare rupi a picco e sfrecciare a tutta velocità sull'acqua. Potete persino controllare Mumbo-Jumbo, lo stregone con la faccia di teschio, i cui poteri magici sorpassano di gran lunga la sua conoscenza della lingua inglese. Su speciali pad, Mumbo può riportare in vita alieni, animare statue gigantesche e molto altro ancora. La sua nuova rivale nella sezione “vodoo” è Humba Wumba, una simpatica sciamana che potete trovare nel Wumba's Wigwam di ogni mondo. Basta andare a visitarla per trasformare Banjo e Kazooie in un sottomarino, in una palla di neve o persino in una lavatrice con l'oblò sul davanti.
Non preoccupatevi, perché non dovete conoscere le nuove mosse e i nuovi oggetti sin dall'inizio del gioco! Drill Sergeant Jamjars (il fratello serio di Bottles la talpa, il cicerone di Banjo-Kazooie) ve li insegnerà un pò alla volta, concedendovi il tempo necessario per impratichirvi e quindi passare al livello successivo.
I codici possono essere immessi nella Stanza dei codici del Mayahem Temple.